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发布于 2025-05-15 / 0 阅读

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使用FSL快速分割三维MR头颅

#深度学习 #ubuntu #python

1. 安装环境

首先

curl -Ls https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads/fslconda/releases/getfsl.sh | sh -s

2. 准备数据

3. 使用FSL FAST分割

bash
fast -t 1 -n 3 -o output_prefix mri.nii.gz

-t 1：T1加权MRI（一般用于 GM/WM/CSF 分割）
-n 3：分成三类（GM、WM、CSF）
-o output_prefix：输出文件名前缀

4. 分割输出结果解释

假设你用 -o mri_seg，会得到如下输出：

文件	说明
`mri_seg_pve_0.nii.gz`	CSF 的概率图
`mri_seg_pve_1.nii.gz`	GM 的概率图
`mri_seg_pve_2.nii.gz`	WM 的概率图
`mri_seg_seg.nii.gz`	最终分割标签图（1=CSF，2=GM，3=WM）